一、信用风险
金融仓储公司的出现既是广大中小企业生存发展的需要，也是以银行为代表的金融机构降低自身信贷风险的需要。来自融资双方的需求使仓储公司承担了双重义务。在金融仓储业务中，仓储公司充当了银行的信托责任人，代替银行直接占有质押财产，银行依赖仓储公司对质押财产进行价值评估与监管。这一状况使银行和仓储公司之间存在信息不对称和信息失真的可能。此时，如果仓储公司缺乏信用，与融资企业串通骗取银行贷款，就会使银行蒙受信贷资金损失的风险。
二、法律风险
金融仓储业务的法律风险体现在两个方面，分别是仓单的不规范以及缺乏适当公示方法的风险。 1、仓单不规范的风险 金融仓储公司出具的仓单都是自行设计的，这就给仓单质押业务带来了一定的风险。一方面，仓单的不规范会给银行的操作带来麻烦;另一方面，这也使不法分子有了可乘之机。他们通过伪造、变造、涂改仓单等方式冒领货物，损害了银行和仓储公司的利益。因此，为了确保仓单的有效设立，防止虚假仓单造成的损失，建议推行标准仓单，使其具有全国范围内共同的质量标准和流通能力。 2、缺乏适当公示方法的风险 金融仓储业务的出现，使仓储公司代替银行占有和管理质物，并因为质物多为动产，故不用履行登记程序。缺乏适当的公示方法使得同一标的物上可能存在多种权利竞合的情形。例如，仓储公司违反监管合同规定的义务，将已经用于质押贷款的货物再出质给善意第三人，并且完成交付。则银行虽然先于第三人成为货物的质押权人，但因始终未能实际占有该批动产而无法享有优先受偿的权利，其债权也因没有了担保而面临风险。
三、质物价值变动的风险
银行开展质押贷款业务，需要面临一个主要风险就是质押物价值下降的风险。质押物的价格会随着季节和市场供求关系等因素而不断发生变化，并且动态质押模式下，融资企业用于替换已提取货物的产品还存在着以次充好的质量风险。
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